El sistema de alcantarillado del municipio de Abejorral es de tipo combinado, el cual recolecta, conduce y dispone las aguas servidas y de lluvias. Se realiza una conexión de las tuberías de las viviendas (red interna) con las tuberías de alcantarillado (red externa); las aguas residuales recogidas van a la planta de tratamiento de aguas residuales domesticas (PTAR), con un caudal de diseño 30l/s, donde se hace el debido procedimiento para cumplir con los límites máximos permisibles de la norma 0631 del 2015.

El sistema de tratamiento de aguas residuales está conformado por un canal de entrada dotado con 5 disipadores de energía, un vertedero lateral para evacuar el caudal que exceda la capacidad de diseño de la planta, dos líneas de cribado como proceso preliminar para retener objetos grandes, un desarenador, una canaleta parshlall de 6 pulgadas para medir el caudal constantemente, en verano el caudal promedio es 7 l/s y en temporada de lluvias el caudal aumenta hasta 20l/s, luego se tiene un reactor UASB (anaerobio) de dos cámaras, cada una con un volumen de 490 m3, por último, se cuenta con tres filtros anaerobios, con un volumen de 24,53 m3 por cada filtro ,y lechos de secado, el cual cuenta con tres módulos; la eficiencia de remoción del sistema es el 82%. Es importante destacar que la PTAR trata el 60% de las aguas residuales domesticas del municipio.